Новая история храма начинается 4 января 1996 года – тогда был учрежден приход воссоздаваемого храма Усекновения Главы Иоанна Предтечи в Братееве. Немного позже силами прихода и настоятеля был построен временный храм Живоначальной Троицы, который до недавнего времени был единственным храмом на территории района.
Святейший Патриарх Алексий II благословил Благое начинание.
Тысячи людей поддержали идею воссоздания храма в честь Усекновения Главы Иоанна Предтечи, обращаясь в органы местного управления и делая пожертвования. Десятки организаций и людей содействовали строительству.
Замысел Анисимова А.А. по строительству храма в Братееве воплотила архитектурная мастерская ООО «Ракурс-АВ» под руководством Н.Эммануилова.
Закладка капсулы была осуществлена в храме 10 февраля 2010 года Архиепископом Истринским Арсением.
Сейчас Храм Усекновения Главы Иоанна Предтечи виден издалека. Небольшую золотую маковку, строгий шатер и крест можно заметить уже с Московской Кольцевой дороги. Однако, храму до сих пор требуется помощь любого качества: и материальная, и физическая. Службы в храме уже идут с прошлого года, на большие праздники почти не остается места, прихожане по-прежнему радуются каждому новому этапу строительства.